工程预算如果是预算结算承包，审计的重点是核查乙方提出的设计变更资料是不是通过了原来设计部门的同意或是经过了甲方的签证，这里的重大设计变更有没有计划或者是主管部门的审批手续，变更工程量的计算是不是真实，套用定额与单价是不是合适且准确，设计变更的增减是不是同步，有没有巧立名目、自行定价、搭车收费的现象。预算加系数或是平方米等价已经承包，审计的重点原则上已经把预算的变动，加价系数等算在内，因此不应该再零星项目变动经济洽谈。如果是招标承包，审计的重点是结算应该按中标合同的标价执行，当然遇到特殊复杂工程可以调价，也要有补充的合同，否则就不应该在 的结算关头再另行加价。
分包工程竣工结算审计是分包工程全过程跟踪审计的第三步，是对分包工程预算的终确定。分包工程预算的合理性和准确性，直接体现着分包工程的审计质量和审计成果严格复核结算工程量。对结算工程量要严格审查和准确计算，将工程量的计算及变更签证的确认作为审计重点，注意工程量的重复和多计，增强对虚假变更签证的辨别力。工程量的确定要依据施工图和业主或建设单位签发的公务通知单、设计部门的设计变更单。尤其对现场变更工程量的确认，严防只计增不计减，要把握住“在一般情况下，有增必有减”的原则，如果有增无减，就要查明原因。对野外偏僻的施工签证，要有现场各级人员的签认，否决“一言堂”签证。
工程预算材料价格要适应市场发展的要求，应从以下几个方面着手调整：
(1)工程预算综合系数调整。即目前地区价差系数调整，一般适宜于工程概算造价，快速简明，系数应以月或旬为一发布期。
(2)工程预算有限度调整。即对主要材料进行按实调整，对于那些整个工程都普遍使用而且使用比重又比较均衡的材料用综合系数调差或进行包干。
工程预算设计阶段投资控制的主要方法：
1、采用设计招标形式选择合理的设计方案，促使设计单位采用先进技术，降低工程造价
工程预算审查结算工程量计算的准确性。根据经过多部门竣工验收而终确认的工程量和工程量计算规则，审查结算工程量的计算。工程量计算的是否准确直接影响着分包工程的计价。因此，在审查工作量时应正确划分项目，按照施工图的设计说明和 规定的计算规则计算，实事求是的反映真实工程量。审查定额子目套用和费率计取的正确性。首先，检查子目列项的名称、规格、计量单位与地区估价表是否一致，定额换算是否准确；其次，查看定额所列工程内容，检查套用的定额是否重复、高套或错套。审查取费标准或综合单价及费率与分包工程合同价格条款约定是否相符，综合费率是否准确，综合单价是否正确，套用综合单价的工程内容是否重复、交叉、错列。